9 июля 1999 года лидеру томского отделения РНЕ Павлу Рожину предъявлено обвинение в возбуждении национальной вражды. Расследование показало его причастность к распространению провокационных листовок. 15 декабря 1999 года он приговорен к трем годам лишения свободы условно и амнистирован.
26 октября 1999 года Приморский суд по иску краевой прокуратуры запретил деятельность филиала РНЕ в регионе. Местному отделению организации инкриминировалось "разжигание межнациональной, расовой и социальной розни, создание военизированных формирований". Также были выявлены нарушения при регистрации филиала РНЕ в управлении юстиции края.25 января 2001 года Верховный суд Карелии по ходатайству карельского Минюста запретил деятельность местного отделения РНЕ. Решению о ликвидации предшествовало приостановление деятельности РНЕ в регионе на три месяца за нарушения правил создания и функционирования общественных организаций и разжигание национальной розни.
30 июля 2002 года региональное отделение общественного движения РНЕ получило копию решения Хабаровского краевого суда о ликвидации филиала. Истцом выступило краевое управление Министерства юстиции. Решению предшествовал ряд тяжб и приостановление деятельности РНЕ на территории края на полгода в связи с использованием незарегистрированной символики и вовлечением в деятельность организации несовершеннолетних.