В октябре 1994 года в результате взрыва в редакции газеты "Московский комсомолец" погиб журналист Дмитрий Холодов. Впоследствии на суде Павел Грачев подтвердил, что называл Дмитрия Холодова своим врагом номер один и давал командующему ВДВ Подколзину поручение разобраться с журналистом. Однако ни прокуратура, ни суд не установили причастности министра к убийству Дмитрия Холодова.
В ноябре 1994 года Павел Грачев заявил, что российские военные не принимали участия в неудачном штурме Грозного, организованном чеченской оппозицией. Министр тогда сказал, что, если бы армия участвовала в этих событиях, Грозный был бы взят силами одного парашютно-десантного полка за два часа. Позднее участие российских офицеров в штурме Грозного было доказано документально. В ответ на слухи о неминуемой отставке Павла Грачева Борис Ельцин назвал его лучшим министром обороны последних десятилетий.В феврале 1997 года на заседании Госдумы глава комитета по обороне Лев Рохлин заявил о том, что бывшее руководство Минобороны без официальных распоряжений правительства осуществило бесплатную поставку в Армению 84 танков Т-72, 40 БМП, а также запчастей на 7 млрд руб. 2 апреля он же выступил с подробным докладом по этому поводу на закрытом заседании парламента. По словам Льва Рохлина, общая сумма российских убытков превысила $1 млрд. По результатам проведенной проверки начальник Главного контрольного управления президента Владимир Путин заявил, что нарушения действительно были, но "в ходе проверки мы не нашли документов, которые свидетельствовали бы о том, что Грачев давал прямые указания, распоряжения на этот счет".