20 марта 1993 года губернатор Иркутской области Юрий Ножиков был отстранен от должности указом президента Бориса Ельцина после проверки, выявившей нарушения во внешнеэкономической деятельности. Через два дня решение об отстранении было отменено. Премьер-министр Виктор Черномырдин лично принес губернатору извинения за обвинения, назвав их "необоснованными" и "несерьезными", сообщив, что люди, готовившие документы для указа президента об отстранении, будут наказаны. 21 апреля 1997 года губернатор заявил, что уходит в отставку из-за "ухудшения социально-экономической ситуации в регионе" и не будет баллотироваться на новых выборах.
10 мая 2009 года во время охоты с вертолета в авиакатастрофе погиб губернатор области Игорь Есиповский. Регион он возглавил в 2008 году после объединения Иркутской области и Усть-Ордынского Бурятского АО.
14 марта 2010 года на выборах мэра Иркутска единоросс Сергей Серебренников, поддержанный новым губернатором Дмитрием Мезенцевым, проиграл выдвиженцу КПРФ Виктору Кондрашову (27,21% против 62,32%). 23 мая в Братске, втором по величине городе в области, победил коммунист Александр Серов, который обошел сразу двух самовыдвиженцев от "Единой России". После этого проигрыша секретарь президиума генсовета "Единой России" Вячеслав Володин заявил, что Дмитрий Мезенцев "будет с себя спрашивать больше, чем другие. Вопрос о его отставке — в компетенции президента". 3 февраля 2011 года мэр Братска Александр Серов был арестован по подозрению в вымогательстве взятки в 15 млн руб. В апреле 2014 года приговорен к пяти с половиной годам лишения свободы.
На выборах в Госдуму 4 декабря 2011 года "Единая Россия" показала в области один из худших результатов, набрав 34,93% (в целом по стране — 49,31%). 14 декабря 2011 года профсоюз Восточно-Сибирской железной дороги выдвинул губернатора Дмитрия Мезенцева кандидатом в президенты России. 27 января 2012 года ЦИК отказал ему в регистрации, так как после отбраковки подписных листов у него не набралось необходимых 2 млн подписей. Владимира Путина на выборах поддержали 55,45% избирателей региона (по стране — 63,6%).
18 мая 2012 года полномочия Дмитрия Мезенцева были прекращены "по собственному желанию". Новым губернатором стал Сергей Ерощенко, доверенное лицо кандидата Михаила Прохорова на выборах президента. 13 мая 2015 года он ушел в отставку по собственному желанию и был назначен врио, однако на выборах 27 сентября проиграл во втором туре выдвиженцу от КПРФ Сергею Левченко, набравшему 56,39%.