С 1996 по 2004 год Архангельскую область возглавлял Анатолий Ефремов. В сентябре 2000 года разгорелся конфликт между губернатором и главой областного правительства Николаем Малаковым. Среди причин называлось подписание господином Ефремовым протокола с РАО ЕЭС, по которому был прекращен "неоплачиваемый отпуск тепла и электроэнергии потребителям", а также увеличены энерготарифы. Николай Малаков покинул пост и выдвинул свою кандидатуру на выборах главы региона, но во втором туре проиграл господину Ефремову (58,5% против 31,6%).
В марте 2004 года главой региона был избран предприниматель Николай Киселев. Его правление сопровождалось конфликтами с избранным в марте 2005 года мэром Архангельска Александром Донским. Против мэра было возбуждено несколько дел, в том числе по подозрению в организации личной охраны за госсчет и подделке диплома о высшем образовании. В июле 2007 года мэр, в свою очередь, обвинил губернатора в получении взятки, после чего был задержан и обвинен в злоупотреблении должностными полномочиями. Сам господин Донской связывал уголовное преследование со своим решением баллотироваться в президенты РФ. В марте 2008 года экс-мэра приговорили к трем годам условно. В апреле того же года Николай Киселев не был переназначен на новый срок.
С апреля 2008 по январь 2012 года область возглавлял бывший мэр Якутска Илья Михальчук. В мае 2008 года на выборах мэра Архангельска активно поддерживаемый губернатором кандидат Виктор Павленко первоначально проиграл московскому предпринимателю Ларисе Базановой, однако был назначен пересчет голосов, после чего горизбирком признал победу господина Павленко с перевесом в 154 голоса. В сентябре 2010 года депутаты облсовета от КПРФ подготовили обращение к президенту Дмитрию Медведеву с требованием об отставке губернатора, обвинив его в коррупционных скандалах, падении экономических показателей и кадровой политике, основанной "на кумовстве и блате". В октябре 2011 года Дмитрий Медведев поручил проверить работу администрации области: "Я вообще не понимаю, что там происходит. Где там губернатор? Есть он там или нет?" В январе 2012 года господин Михальчук досрочно ушел "по собственному желанию".
С 13 января 2012 года область возглавляет выходец с оборонных предприятий Северодвинска Игорь Орлов. В ряде СМИ отмечалось, что между губернатором и мэром областного центра Виктором Павленко развивается конфликт, в ходе которого в декабре 2014 года была проведена реформа, упразднившая прямые выборы мэра Архангельска.