Сергей Иванов занял пост руководителя администрации президента (АП) России 22 декабря 2011 года. На своем посту он проработал 4 года, 7 месяцев и 21 день.
За время его руководства среднемесячная заработная плата работников аппарата увеличилась в 2,4 раза — с 90,3 тыс. в 2011 году до 217,2 тыс. руб. по итогам 2015 года. Штатная численность аппарата за аналогичный период увеличилась на 14,5% — с 1510 до 1729 человек. Бюджетные расходы на содержание администрации президента увеличились в три раза — с 3,1 млрд руб. в 2012 году до 9,3 млрд руб., запланированных на 2016 год.
За время работы Сергея Иванова в составе АП появился ряд новых управлений. В июне 2012 года были созданы четыре новых управления: по социально-экономическому сотрудничеству с участниками СНГ, Абхазией и Южной Осетией; по общественным связям и коммуникациям; по научно-образовательной политике; а также управление по применению информационных технологий и развитию электронной демократии. В октябре того же года было образовано управление по общественным проектам, а в декабре 2013 года — управление по вопросам противодействия коррупции.
При господине Иванове у руководителя администрации президента также увеличилось количество заместителей. 27 декабря 2011 года первым заместителем был назначен Вячеслав Володин. В мае 2012 года в аппарате появился еще один первый заместитель: им стал Алексей Громов. Тогда же пресс-секретарь президента Дмитрий Песков получил должность заместителя главы администрации. В январе 2013 года количество заместителей главы АП выросло с двух до трех.