1 января 1956 года была провозглашена независимость Республики Судан от Великобритании и Египта. При этом в новое государство были включены как мусульманский север, так и юг, жители которого были либо христианами, либо язычниками. Еще до провозглашения независимости в августе 1955 года в южных городах Торит, Джуба, Ей и Мариди вспыхнули восстания, переросшие в гражданскую войну, длившуюся почти 17 лет.
27 февраля 1972 года в Аддис-Абебе было подписано соглашение о предоставлении Южному Судану статуса автономии, который распространился на три провинции. Регион получил право избирать местный парламент и формировать12-тысячную армию, на 50% состоящую из жителей юга. Участники боевых действий попали под амнистию.
8 сентября 1983 года президент Судана Джафар Нимейри объявил о начале исламизации страны и административной реформе юга, что привело к новой войне. Борьбу с правительством возглавила Народная армия освобождения Судана (НАОС) под руководством будущего вице-президента Джона Гаранга.
20 июля 2002 года после подписания протокола в Мачакосе (Кения) начался процесс урегулирования конфликта между севером и югом, жертвами которого в общей сложности стали около 2 млн человек.
9 января 2005 года между правительством Судана и сепаратистами было подписано Найвашское соглашение, положившее конец второй гражданской войне. По нему Южному Судану также предоставлялись право на самоуправление, места в правительстве и половина доходов от полезных ископаемых. Вводился шестилетний переходный период.
11 октября 2007 года члены НАОС вышли из состава правительства, обвинив власти в несоблюдении условий мирного договора и несправедливом распределении постов. 13 декабря того же года после соглашения о ротации членов кабинета каждые три месяца бойкот был прекращен. Кроме того, был согласован график вывода войск из Южного Судана.
С 9 по 15 января 2011 года состоялся референдум о независимости Южного Судана, за отделение проголосовали 98,8% избирателей. 9 июля того же года Южный Судан был провозглашен самостоятельным государством со столицей в Джубе.