Ахтар Мохаммад Мансур родился в 1968 году (по другим данным — в 1963 или 1965 году) в провинции Кандагар. По национальности пуштун. Начальное образование получил в деревенской мечети.
С 1985 года воевал против советских войск в Афганистане, был несколько раз ранен. С 1987 года жил в пакистанском Пешаваре, где продолжил исламское образование и стал одним из лидеров радикально настроенной молодежи.
В 1995 году присоединился к движению "Талибан". После захвата талибами аэропорта в Кандагаре был назначен ответственным за его безопасность. В 1996 году после взятия талибами Кабула стал директором афганской авиакомпании Ariana, а также министром гражданской авиации в так называемом Исламском Эмирате Афганистан. Позже под его контроль перешли военно-воздушные силы и силы противовоздушной обороны.
После начала антитеррористической операции НАТО в Афганистане сбежал в Пакистан, где участвовал в формировании новых вооруженных сил "Талибана" и вскоре стал членом руководящего совета движения. В 2006 году вернулся в Афганистан. С 2009 года был начальником военного крыла "Талибана" и считался заместителем лидера движения муллы Омара. По некоторым данным, также контролировал производство и контрабанду опийного мака из Афганистана.
После смерти муллы Омара в 2013 году Ахтар Мансур боролся за власть со многими полевыми командирами, в частности с Абдул-Каюмом Закиром. В июле 2015 года "Талибан" официально подтвердил смерть муллы Омара. Решением совета шуры (высший орган движения "Талибан") Ахтар Мансур стал его преемником, что привело к расколу в рядах талибов. Ряд полевых командиров не признал нового лидера, считая его агентом влияния пакистанской разведки.