Международный трибунал по бывшей Югославии (МТБЮ) учрежден резолюцией Совбеза в мае 1993 года. Всего трибунал выдвинул обвинения против 161 человека, завершены дела в отношении 149 обвиняемых. Из них 18 оправданы, 80 осуждены на различные сроки. Дела 13 обвиняемых переданы в национальные суды. С 20 человек обвинения были сняты, а 16 скончались до или после передачи трибуналу. Еще по двум делам вынесен оправдательный приговор, который будет пересмотрен МТБЮ. Среди осужденных преобладают сербы (68%), на втором месте — хорваты (15%), на третьем — боснийские мусульмане (6%).
10 января 2001 года МТБЮ сдалась экс-президент Сербской Республики Биляна Плавшич, признавшая вину в преступлениях против человечности в Боснии и Герцеговине. 27 февраля 2003 года Плавшич приговорили к 11 годам тюрьмы, 27 октября 2009 года она была освобождена досрочно.
1 апреля 2001 года в Белграде был арестован бывший президент Сербии и Союзной Республики Югославия Слободан Милошевич, обвиненный МТБЮ в преступлениях против человечности. 11 марта 2006 года, после четырех лет судебных разбирательств, Милошевич умер в гаагской тюрьме от инфаркта.
24 февраля 2003 года в МТБЮ сдался бывший вице-президент Сербии, лидер сербских радикалов Воислав Шешель, обвиняемый в преступлениях против человечности в Хорватии и Боснии. В 2009-2012 годах МТБЮ трижды выносил ему приговоры по второстепенным делам. 6 ноября 2014 года трибунал временно освободил Шешеля для лечения от рака, но, прибыв в Сербию, он отказался возвращаться в Гаагу добровольно. Приговор по его делу запланирован на 31 марта 2016 года.
8 декабря 2005 года в Испании был задержан хорватский генерал Анте Готовина, обвиняемый в преступлениях против человечности в ходе операция "Буря" в 1995 году. 15 апреля 2011 года Готовину и проходившего по тому же делу генерала Младена Маркача приговорили к 24 и 18 годам соответственно. В 2012 году апелляционная палата оправдала обоих.
26 мая 2011 года под Белградом был задержан сербский генерал Ратко Младич. Он обвиняется, в частности, в 43-месячной осаде Сараево в 1993-1995 годах и расправе в Сребренице в 1995-м. Суд начался 16 мая 2012 года, приговор не вынесен.
20 июля 2011 года в Сербии был арестован экс-президент самопровозглашенной Республики Сербская Краина Горан Хаджич. Одним из ключевых моментов обвинения стал расстрел 264 хорватских военнопленных в 1991 году под Вуковаром. 13 апреля 2015 года МТБЮ временно освободил Хаджича для лечения от рака.