18 марта 2005 года, через неделю после задержания в Кишиневе советника главы РАО «ЕЭС России» Валерия Пасата, Россельхознадзор ввел запрет на ввоз из Молдавии мяса, мясных субпродуктов и птицы. 16 мая были также введены ограничения на ввоз овощей и фруктов. Снятия ограничений начались в январе 2007 года.
27 марта 2006 года, через три дня после переговоров о присоединении России к ВТО, на которых Грузия и Молдавия высказались за пересмотр двусторонних торговых договоров с РФ, Роспотребнадзор ввел запрет на ввоз вин и коньяков из Молдавии и Грузии из-за повышенного содержания в них пестицидов и железа. В начале мая был также введен запрет на ввоз грузинских минеральных вод «Боржоми» и «Набеглави» как не отвечающих санитарным нормам. Поставки молдавской продукции возобновились в 2007 году, но несколько раз прерывались. Грузинские вина и минеральная вода вернулись на российский рынок в 2013 году.
10 января 2006 года, спустя девять дней после начала нефтегазового конфликта Белоруссии и РФ из-за введения Москвой экспортной пошлины на нефть, Россельхознадзор объявил об ужесточении порядка импорта белорусской животноводческой продукции с 1 марта. 12 января было подписано соглашение о снижении российской экспортной пошлины с $180 до $53 за тонну. С 17 мая стали сниматься ограничения на ввоз продукции.
30 августа 2013 года, спустя четыре дня после задержания в Минске главы «Уралкалия» Владислава Баумгертнера, который, по версии белорусского следствия, организовывал преступные схемы захвата контроля над рынком, Россельхознадзор запретил ввоз белорусской свинины. 31 августа вице-премьер Белоруссии Петр Прокопович заявил, что в скандале «нет и не может быть никакой политики». 17 октября ограничения на импорт стали снимать.
28 июля 2014 года, спустя 11 дней после крушения малазийского Boeing в Донбассе и обвинений Киева в причастности к этому России, Россельхознадзор запретил всю молочную продукцию с Украины. 29 июля Роспотребнадзор также запретил импорт украинских соков и консервов, а 5 сентября — кондитерских изделий.
22 августа 2014 года, через три недели после расширения санкций США против России, Роспотребнадзор начал масштабные проверки ресторанов McDonald`s по всей России. Несколько заведений были оштрафованы и временно закрыты за нарушение санитарных норм.
12 августа 2015 года Роспотребнадзор заявил о готовности проверить все торговые сети после выявления множества нарушений в гипермаркетах «Ашан» в Московском регионе. 19 августа «Ашан» заявил, что проверка была плановая и не связана с проблемами в магазинах. Некоторые эксперты связывали проверки «Ашана» с отказом Франции продать России вертолетоносцы Mistral.