В декабре 1992 года из Бутырской тюрьмы во время утренней прогулки сбежали двое заключенных. В том же году был убит один из подследственных, захвативший заложника.
21 мая 1994 года на территорию усиленно охраняемой Бутырской тюрьмы проникли несколько "воров в законе" и уголовных "авторитетов" во главе с Сергеем Липчанским (Сибиряком). "Гости", гулявшие с заключенными друзьями, были задержаны бойцами ОМОН.В декабре 1995 года в Бутырке из-за замыкания произошел пожар. Семь заключенных, отравившихся угарным газом, оказались в больнице.
В 1996 году из Бутырской тюрьмы сбежала Наталья Сорокожердева. По приговору ей оставалось сидеть три с половиной года. Сорокожердева подговорила свою сокамерницу, внешне на нее очень похожую, устроить ее побег. Выучив биографию и статьи обвинения соседки (это необходимо при отчете на выходе из СИЗО), она спокойно покинула тюрьму.
В апреле 2000 года во время перевозки из Бутырки на Краснопресненскую пересылку сбежали пятеро заключенных, приговоренные судами к различным срокам.