С 1996 года Уильям Браудер возглавлял фонд Hermitage Capital Management, ставший одним из крупнейших иностранных инвесторов в Россию. В ноябре 2005 года российская виза господина Браудера по неназванной причине была аннулирована.
В июне 2007 года управление по налоговым преступлениям ГУВД Москвы завело дело в отношении связанных с Hermitage структур.
2 апреля 2008 года "Ъ" стало известно, что Уильяму Браудеру и управляющему отделением фонда в РФ Ивану Черкасову предъявлены заочные обвинения в неуплате налогов, они были объявлены в федеральный розыск. Ущерб от их действий оценивался следствием более чем в 4 млрд руб. 26 ноября того же года, после ареста юриста фонда Сергея Магнитского, стали известны подробности дела. По версии следствия, калмыцкие компании "Дальняя степь" и "Сатурн инвестментс", находящиеся под управлением Hermitage, уклонились от уплаты налогов на 522 млн руб. Всего, по данным следствия, подконтрольные фонду фирмы недоплатили в бюджет более 2 млрд руб. 16 ноября 2009 года Сергей Магнитский скончался в московском СИЗО.
4 мая 2011 года Уильям Браудер был объявлен в международный розыск. В тот же день Тверской суд заочно арестовал Ивана Черкасова. Из выступления в суде следователя Олега Сильченко стало известно, что расследование в отношении предпринимателей ведется с 2004 года.
29 декабря 2011 года в отдельное производство выделено дело об уклонении от уплаты налогов на 522 млн руб. калмыцкими компаниями в отношении господ Браудера и Магнитского. 29 ноября 2012 года Генпрокуратура передала дело в Тверской суд Москвы.
В марте 2013 года Уильям Браудер стал фигурантом еще одного дела — о незаконной покупке акций "Газпрома" фондом Hermitage с ущербом 3 млрд руб. 7 марта ему предъявили заочное обвинение. 19 марта его объявили в федеральный, 8 апреля — в международный розыск. 22 апреля он был заочно арестован Тверским судом. О ходе следствия по этому делу не сообщалось.
11 июля 2013 года Тверской суд Москвы заочно признал виновными в неуплате свыше 522 млн руб. налогов Уильяма Браудера и покойного Сергея Магнитского. Уголовное преследование последнего было прекращено судом. Уильям Браудер получил девятилетний срок.