25 февраля 1992 года президент Борис Ельцин подписал указ "О структуре управления космической деятельностью в стране", создав Российское космическое агентство (РКА). В ведение РКА поступили организации космического профиля, в том числе ряд предприятий военного назначения. В 1997 году начался процесс поэтапной передачи управления космодромом Байконур от Минобороны к РКА, который завершился к 2009 году.
Указом президента от 25 мая 1999 года РКА было преобразовано в Российское авиационно-космическое агентство (Росавиакосмос). Новому ведомству были переданы, в частности, 350 предприятий авиационной отрасли, которые до этого находились в ведении Минэкономики.
9 марта 2004 года в ходе правительственной реформы Росавиакосмос был переведен в структуру Министерства промышленности и энергетики и переименован в Федеральное космическое агентство (Роскосмос). Авиационную промышленность передали в Федеральное агентство промышленности. В функции Роскосмоса вошли запуск космических аппаратов военного и гражданского назначения, лицензирование космической деятельности, организация международного сотрудничества, отбор и подготовка космонавтов. Он также занимался эксплуатацией космодрома Байконур, строительством космодрома Восточный в Амурской области, реализацией программы ГЛОНАСС.
9 октября 2013 года вице-премьер Дмитрий Рогозин представил президенту Владимиру Путину проект реформы отрасли, призванной разделить функции заказчика (оставались у Роскосмоса) и генподрядчика (переходили к создаваемой Объединенной ракетно-космической корпорации). В ведении агентства оставались только 12 организаций, а корпорация получала в управление 48 предприятий. 2 декабря 2013 года Владимир Путин своим указом запустил реформу, создав Объединенную ракетно-космическую корпорацию.