В феврале 2011 года Счетная палата сообщила о финансовых нарушениях на 215 млрд руб. при использовании средств, выделенных на транспортный комплекс Москвы в 2008-2010 годах. Вскоре свой пост покинул начальник московского метро Дмитрий Гаев. В марте против него возбудили дело о злоупотреблении полномочиями (ст. 201 УК РФ), но через год оно было закрыто за отсутствием состава преступления.
В ноябре 2011 года палата выявила в регионах Северного Кавказа финансовые нарушения на 18 млрд руб. Уголовных дел не возбуждалось.
В июле 2012 года аудиторы заявили о финансовых нарушениях на 6,46 млрд руб. при освоении средств, выделенных на строительство к саммиту АТЭС. В ноябре объем нарушений возрос до 15 млрд руб. Тогда же было возбуждено дело о мошенничестве на 93 млн руб., его фигурантом стал бывший замглавы Минрегионразвития Роман Панов.
В марте 2013 года Счетная палата обнародовала отчет по итогам контроля деятельности "Олимпстроя" за 2006-2012 годы, согласно которому должностные лица корпорации создали предпосылки для удорожания сметной стоимости спортивных объектов на 15,5 млрд руб. "Олимпстрой" обвинения отверг.
В июне 2013 года СП объявила о выявлении в Росреестре финансовых нарушений на сумму 23,9 млрд руб., в том числе нецелевого расходования 2,5 млрд руб. при выполнении программы "Создание системы кадастра недвижимости". По итогам проверки были уволены заместители главы Росреестра Юрий Акиньшин и Сергей Сапельников. Последний стал фигурантом возбужденного в октябре дела о "халатности", но незадолго до этого он покинул Россию.