15 ноября 2005 года губернатор Санкт-Петербурга Валентина Матвиенко и глава "Газпрома" Алексей Миллер объявили о плане строительства в городе офисного комплекса с 300-метровым небоскребом. Для него выделили участок в устье реки Охты, где располагается охраняемый законом памятник "Шведская крепость Ниеншанц". Конкурс на архитектурную концепцию "Охта-центра" выиграло британское бюро RMJM London Limited.
В июле 2006 года архитекторы Санкт-Петербурга в письме губернатору заявили, что небоскреб разрушит облик города. С тех пор против проекта выступали многие общественные деятели, горожане проводили акции протеста и подавали иски в суды. ЮНЕСКО грозил исключить город из списка объектов всемирного наследия.
В декабре 2008 года Смольный отказался от софинансирования проекта. "Газпром" взял 100% расходов (около 60 млрд руб.) на себя. 21 августа 2009 года городской комитет по госконтролю, использованию и охране памятников истории и культуры изменил границы охраняемой территории Ниеншанца, исключив из нее "всю центральную часть". 22 сентября правительство разрешило возведение небоскреба высотой 403 м, в четыре раза превышающей допустимые параметры. Однако в октябре Росохранкультура заявила о незаконности строительства на территории Ниеншанца.
12 октября 2010 года президент Дмитрий Медведев заявил, что решение о строительстве должно приниматься после завершения всех судебных процессов и консультаций с ЮНЕСКО. 2 декабря Валентина Матвиенко в телеэфире впервые заявила о возможном переносе "Охта-центра". В том же месяце постановление о разрешении строительства было отменено.
10 марта 2011 года "Газпром" приобрел для проекта участок площадью 14 га в районе Лахта. 4 августа, после общественных слушаний, городской комитет по градостроительству и архитектуре разрешил превышение предельно допустимой 27-метровой высоты при строительстве "Лахта-центра". 17 августа 2012 власти Санкт-Петербурга дали разрешение на начало строительства башни высотой 463 м и ориентировочной стоимостью 20,8 млрд руб. В октябре 2012 года начался нулевой цикл строительных работ.