в нерациональном использовании целевого инвестиционного тарифа на строительство Балтийской трубопроводной системы (БТС). В соответствии с приказом Минтопэнерго средства, которые нефтекомпании перечисляли на строительство БТС ($1,43 с тонны экспортируемой нефти), должны были поступать на специальный счет в московский филиал Сбербанка. Однако 320 млн руб. из собираемых денег были сосредоточены в другом кредитном учреждении — Промышленно-строительном банке Санкт-Петербурга. Никаких процентов с этой суммы "Транснефть" не получает. Согласно документу, упущенная прибыль составила более $2 млн;
в раздувании штатов. В период руководства Савельева персонал компании увеличился на 162 человека. Возросло и число вице-президентов компании — с пяти до одиннадцати;
в продаже акций дочерних предприятий "Транснефти" в частную собственность. По мнению ревизоров, это привело к снижению роли компании как "важного стратегического объекта и к сокращению доходов государства";
в том, что "Транснефть" занималась самостоятельной реализацией нефти на внешнем рынке. Таким образом, компания нарушила указ президента, предписывающий "Транснефти" заниматься только транспортировкой нефти и строительством трубопроводов.