3 июля 2003 года Басманный суд Москвы арестовал руководителя МФО МЕНАТЕП Платона Лебедева по обвинению в мошенничестве, неуплате налогов и других преступлениях. 25 октября по тем же обвинениям был арестован глава ЮКОСа Михаил Ходорковский. 31 мая 2005 года Мещанский суд Москвы приговорил обоих к девяти годам лишения свободы. 22 сентября кассационная коллегия Мосгорсуда сократила сроки до восьми лет.
В апреле--августе 2006 года Ходорковский трижды пытался оспорить в судах свое этапирование в Читинскую область, но Замоскворецкий суд Москвы, Мосгорсуд и Головинский суд столицы ему в жалобах отказали.
25 октября 2007 года Европейский суд по правам человека (ЕСПЧ) признал нарушение прав Лебедева при избрании меры пресечения и взыскал с России €10 тыс. 31 мая 2011 года ЕСПЧ удовлетворил жалобу Ходорковского, компенсировав ему €24,5 тыс. 25 июля 2013 года ему присудили еще €10 тыс., но дело ЮКОСа ЕСПЧ не признал политически мотивированным.
В августе 2008 года Ингодинский райсуд Читы отклонил прошение Михаила Ходорковского об условно-досрочном освобождении (УДО), поданное по отбытии половины срока. В мае 2011 года ходатайство об УДО подавали оба заключенных, но суд не стал его рассматривать. В июне того же года суд отказал защите Лебедева в УДО после повторного прошения.
2 июля 2009 году Конституционный суд отказал в рассмотрении жалобы Ходорковского на неконституционность норм УК, ставших основанием для нового обвинения. Суд решил, что "проверка законности правоприменительных решений по уголовному делу" в его компетенцию не входит.
30 декабря 2010 года Хамовнический суд признал Ходорковского и Лебедева виновными в хищении 218 млн тонн нефти. Они получили по 14 лет лишения свободы с учетом наказания по первому делу. 24 мая 2011 года Мосгорсуд сократил сроки с 14 до 13 лет, выйти на свободу они должны были в 2016 году.
20 декабря 2012 года президиум Мосгорсуда частично удовлетворил надзорную жалобу защиты Лебедева и Ходорковского на приговор по второму делу, снизив им сроки с 13 до 11 лет, выход на свободу ожидался в июле и октябре 2014 года соответственно.