Проект реставрации восточного крыла Главного штаба в Санкт-Петербурге входит в концепцию развития комплекса "Большой Эрмитаж", разработанную в 2001 году. Тендер на создание проекта в 2002 году выиграла питерская архитектурная мастерская "Студия-44". Ее проект предполагал объединение пяти изолированных друг от друга внутренних двориков в большую анфиладу, за счет чего помещение площадью 38,2 тыс. кв. м получало дополнительное выставочное пространство.
В июле 2003 года научный совет Санкт-Петербурга по вопросам охраны культурного наследия одобрил проект. Его планировалось реализовать за счет бюджетных средств и займа Международного банка реконструкции и развития (МБРР). Заказчиком выступило Минкультуры через Фонд инвестиционных строительных проектов Санкт-Петербурга (ФИСП). Соглашение о займе с банком было подписано в августе 2004 года, после чего госбюджет выделил $21 млн. Первоначально общая стоимость проекта оценивалась в $120 млн, в 2007 году сообщалось уже о $200 млн.
В апреле 2005 года проект был представлен в рамках выставки "Большая анфилада". В июле 2008 года конкурс на проведение первой очереди работ выиграл консорциум из ООО "Интарсия" и ЗАО "Возрождение", с которыми МБРР заключил соглашение почти на 4,2 млрд руб. ($130 млн). В первую очередь работ входили, в частности, укрепление фундаментов и объединение внутренних дворов в анфиладу. Работы начались в августе того же года и продолжались в течение двух лет.
В 2010 году Минкультуры РФ и ФИСП настояли на отмене конкурсных процедур по второй очереди проекта. В результате к контракту МБРР с ООО "Интарсия" на выполнение работ по первой очереди было подписано дополнительное соглашение на 6,2 млрд руб. ($190 млн). Вторая очередь работ предполагала реконструкцию и реставрацию музейных помещений и выставочных залов.
В декабре 2011 года в отреставрированных помещениях открылась первая крупная экспозиция. Окончание всех работ было запланировано на 2013 год.