25 октября 2007 года Европейский суд по правам человека (ЕСПЧ) удовлетворил жалобу экс-главы МФО МЕНАТЕП Платона Лебедева, констатировав нарушение его прав при избрании меры пресечения во время предварительного следствия по первому уголовному делу. Суд взыскал с РФ в его пользу €3 тыс. в качестве компенсации морального вреда и €7 тыс. на судебные издержки.
22 декабря 2008 года ЕСПЧ частично удовлетворил жалобу бывшего вице-президента ЮКОСа Василия Алексаняна, арестованного по обвинению в хищении, отмывании и неуплате налогов. Судьи указали на бесчеловечное отношение к тяжелобольному заключенному и предписали избрать для него иную меру пресечения. Однако ранее Мосгорсуд уже постановил освободить его под залог 50 млн руб.
31 мая 2011 года частично удовлетворена жалоба экс-главы ЮКОСа Михаила Ходорковского по первому делу. Суд подтвердил незаконность его задержания, неразумные сроки и плохие условия содержания в СИЗО, обязав РФ выплатить €10 тыс. за моральный ущерб и €14,5 тыс. судебных издержек. Также ЕСПЧ не признал преследование заявителя политически мотивированным.
20 сентября 2011 года по жалобе акционеров и бывших топ-менеджеров ЮКОСа суд признал, что российские власти нарушили право компании на защиту собственности, допустив нарушения в налоговых делах и спешную продажу "Юганскнефтегаза". Однако ЕСПЧ вновь не признал преследование ЮКОСа политическим, а вопрос о компенсации в размере €81 млрд передал на согласование сторонам.
23 октября 2012 года частично удовлетворена жалоба экс-главы службы экономической безопасности ЮКОСа Алексея Пичугина, по итогам двух процессов получившего пожизненный срок за убийства. Суд подтвердил неправомерность закрытия первого процесса и выявил еще ряд нарушений, но счел необоснованными жалобы на арест, давление на присяжных и предвзятость судьи. ЕСПЧ присудил заявителю €9,5 тыс.
После вынесения второго приговора по делу Ходорковского сообщалось, что в Страсбурге находятся еще три жалобы экс-главы ЮКОСа. Защита Алексея Пичугина также подала жалобу на второй процесс по его делу. О судьбе этих жалоб пока не сообщалось.