В мае 2007 года Главное следственное управление при ГУВД Москвы возбудило дела в отношении ряда компаний фонда Hermitage Capital по обвинению в уклонении от уплаты налогов. В ответ руководство фонда объявило, что «вымышленные налоговые претензии» были использованы сотрудниками МВД для оправдания обысков и выемки учредительных документов трех ООО — «Риленд», «Парфенион» и «Махаон», которые затем были перерегистрированы на других лиц. Юрист фонда Hermitage Capital Сергей Магнитский заявил, что в декабре 2007 года новые владельцы этих фирм обратились в налоговую инспекцию №28 с просьбой вернуть им 5,4 млрд руб. налога на прибыль, что и было сделано. В феврале 2008 года по показаниям Сергея Магнитского завели уголовное дело, однако к октябрю оно было закрыто.
В апреле 2008 года заочные обвинения в уклонении от уплаты налогов предъявлены главе Hermitage Capital Уильяму Браудеру, управляющему отделением фонда в России Ивану Черкасову (оба скрылись в Великобритании). 26 ноября того же года по этому делу арестован Сергей Магнитский, которого следствие назвало «автором криминальной схемы». Он несколько месяцев провел в Бутырке, а 16 ноября 2009 года умер в больнице СИЗО «Матросская тишина», куда был доставлен с острой болью в животе. В декабре 2009 года уволено более 20 руководителей ФСИН, в том числе начальник Бутырки Дмитрий Комнов. Кроме того, в связи со смертью Сергея Магнитского к уголовной ответственности привлечен заместитель начальника Бутырки по лечебно-профилактической работе Дмитрий Кратов и врач СИЗО Лариса Литвинова (9 апреля 2012 года Следственный комитет сообщил о прекращении уголовного дела в отношении ее в связи с изменениями УК РФ, согласно которым срок давности по инкриминируемой статье был сокращен). Дело против самого Сергея Магнитского было закрыто «по нереабилитирующим обстоятельствам», однако вскоре вновь возобновлено Генпрокуратурой.
26 апреля 2010 года глава Хельсинкской комиссии Конгресса США Бенджамин Кардин обратился к госсекретарю Хиллари Клинтон с требованием запретить въезд в страну 60 россиянам — работникам МВД, СКР, ФСИН, ФСКН, прокурорам и судьям, причастным, по его мнению, к смерти Сергея Магнитского. 16 ноября 2012 года законопроект о «списке Магнитского» приняла палата представителей, 6 декабря — Сенат США, 14 декабря закон был подписан президентом Бараком Обамой.
21 декабря 2012 года в ответ на «список Магнитского» Госдума приняла закон «О мерах воздействия на лиц, причастных к нарушениям основополагающих прав и свобод человека, прав и свобод граждан Российской Федерации», который, в частности, предполагает запрет на усыновление американцами российских детей. 28 декабря документ подписал Владимир Путин.
13 ноября 2012 года дело по обвинению Сергея Магнитского в уклонении от уплаты налогов было направлено в Генпрокуратуру, которая 28 ноября утвердила по нему обвинительное заключение и направила в Тверской суд. 28 декабря тот же суд счел недоказанной вину Дмитрия Кратова в смерти юриста.
28 января 2013 года суд назначил адвоката Сергею Магнитскому и 11 марта приступил к рассмотрению по существу дела об уклонении от уплаты налогов. 19 марта следователи обнародовали причину смерти юриста: ею стала острая сердечнососудистая недостаточность. В тот же день было прекращено дело по факту смерти за отсутствием события преступления.
3 июля прокурор потребовал признать Сергея Магнитского и Уильяма Браудера виновными и заочно приговорить последнего к девяти годам лишения свободы. Дело против Сергея Магнитского гособвинение предлагало прекратить.