19 февраля 1989 года, через четыре дня после вывода советских войск, президент Афганистана Мохаммад Наджибулла ввел в стране чрезвычайное положение. К июню была отражена атака моджахедов на Джелалабад. В течение года моджахеды безуспешно атаковали Хост, Саланг, Герат и Кандагар.
6 марта 1990 года министр обороны Шахнаваз Танай попытался поднять вооруженный мятеж, который был подавлен за два дня. 4 мая чрезвычайное положение было отменено. В декабре Мохаммад Наджибулла предложил моджахедам план мирного урегулирования и участие в переходном правительстве. Предложение было отвергнуто.
В марте 1991 года моджахеды под руководством Джалалуддина Хаккани взяли Хост. В течение шести месяцев были захвачены уездные центры в провинциях Герат, Фарьяб, Балх, Кундуз, Бадахшан и полностью провинция Тахар.
С января 1992 года в страну перестало поступать оружие из СССР. На фоне агитационной деятельности оппозиции отряды моджахедов стали захватывать провинции, приближаясь к Кабулу. 16 апреля, после неудачной попытки бежать из страны, президент Наджибулла укрылся в здании миссии ООН. 27 апреля отряды моджахедов во главе с Ахмад Шахом Масудом без боя вошли в Кабул. 28 апреля президентом страны стал один из лидеров моджахедов Себгатулла Моджаддеди.
В 1996 году Мохаммад Наджибулла был захвачен и казнен талибами.