9 июня 2005 года адвокаты бывшего главы ЮКОСа Михаила Ходорковского и экс-главы МФО МЕНАТЕП Платона Лебедева подали кассационную жалобу на приговор по первому "делу ЮКОСа", вынесенный 31 мая 2005 года Мещанским судом. 22 сентября кассационная коллегия Мосгорсуда сократила сроки бизнесменам с девяти до восьми лет.
9 декабря 2005 года адвокаты Михаила Ходорковского подали надзорную жалобу в президиум Мосгорсуда на обвинительный приговор. 9 марта 2006 года суд признал приговор законным. После этого защита направила надзорную жалобу в Верховный суд, однако 1 декабря 2006 года тот отказался возбудить надзорное производство.
30 декабря 2010 года Хамовнический суд вынес приговор по второму делу господ Ходорковского и Лебедева, приговорив каждого к 14 годам колонии с учетом наказания по первому делу. На следующий день защита обжаловала приговор в Мосгорсуде. 24 мая 2011 года суд сократил каждому срок с 14 до 13 лет.
14 июня 2011 года адвокаты подали в Мосгорсуд надзорную жалобу на приговор Хамовнического суда. 22 июня суд вернул жалобу из-за несоблюдения при ее составлении норм Уголовно-процессуального кодекса. 14 июля жалоба была подана повторно. 14 ноября суд отказал в ее удовлетворении.
28 ноября 2011 года защита господина Ходорковского направила в Мосгорсуд надзорную жалобу, потребовав пересмотреть отказ в удовлетворении предыдущей жалобы на приговор. 30 января 2012 года председатель суда Ольга Егорова отклонила жалобу.
24 февраля 2012 года адвокаты осужденных подали в Верховный суд РФ совместную надзорную жалобу на приговор по второму делу. 24 июля председатель Верховного суда Вячеслав Лебедев направил жалобы в президиум Мосгорсуда. 20 декабря 2012 года Мосгорсуд снизил приговоры совладельцам ЮКОСа с 13 до 11 лет.
4 февраля 2013 года защита Михаила Ходорковского и Платона Лебедева вновь обжаловала второй приговор своим клиентам в Верховном суде РФ. Адвокаты требовали освободить осужденных в связи с отсутствием в их действиях состава преступления.