23 июня 1990 года Молдавская ССР провозгласила суверенитет. 3 сентября 1990 года учрежден пост президента, который постановлением Верховного совета республики занял его председатель Мирча Снегур. В декабре 1991 года он был избран на всенародных выборах, но, проработав один срок, в 1996 году проиграл выборы спикеру парламента Петру Лучинскому.
В ноябре-декабре 1999 года в ходе правительственного кризиса парламент дважды отклонял кандидатуры новых премьеров. С третьего раза кабинет возглавил Димитру Брагиш.
Летом 2000 года прошла конституционная реформа, наделившая парламент правом избрания главы государства. В декабре 2000 года парламентарии трижды не смогли выбрать президента, что привело к досрочным выборам. В феврале 2001 года их выиграли коммунисты во главе с Владимиром Ворониным. В апреле 2001 года господин Воронин стал президентом, в 2005 году он был переизбран.
В апреле 2009 года парламентские выборы, по итогам которых коммунисты получили 60 мандатов из 101, привели к массовым волнениям и захвату зданий администрации президента и парламента. После двух неудачных попыток избрать президента были объявлены досрочные выборы. В июле 2009 года Компартии досталось только 48 мандатов, оппозиционной коалиции — 53. Однако новый состав парламента вновь дважды не сумел избрать главу государства. Обязанности президента исполняли лидеры Либеральной партии Михай Гимпу (2009-2010) и Демпартии Мариан Лупу (2010-2012).
В ноябре 2010 года на досрочных выборах коммунисты получили уже 42 мандата, но пост президента без приставки "и. о." остался вакантным. 22 марта 2012 года "техническим" президентом был избран Николае Тимофти.
5 марта 2013 года парламент выразил вотум недоверия правительству, которое с 2009 года возглавлял Влад Филат. 8 марта кабинет ушел в отставку.