Бенедикт XVI провел ряд церковных реформ. 13 мая 2005 года необычным стало объявление о начале причисления к лику блаженных Иоанна Павла II. По установленному самим Иоанном Павлом II правилу процедура может начаться только через пять лет после смерти кандидата, но в этот раз процесс был инициирован всего лишь через месяц. В июле 2007 года папа разрешил священникам читать молитвы на латыни и Тридентинскую мессу, служение которой было ограничено на II Ватиканском соборе 1962-1965 годов. В феврале 2008 года Бенедикт XVI представил новый текст молитвы для Страстной пятницы, убрав из нее слова о "темноте" и "слепоте" евреев. В октябре 2009 года понтифик упростил переход из англиканства в католицизм.
Во время правления Бенедикта XVI католическую церковь сотрясали скандалы. В сентябре 2010 года прокуратура Рима возбудила дело в отношении президента Банка Ватикана Этторе Готти Тедески в рамках операции по борьбе с отмыванием денег. Полицией были вскрыты факты подозрительных трансакций на €180 млн. В итоге церковь признала недочеты, Тедески был снят с поста.
23 мая 2012 года полиция Ватикана арестовала личного камердинера Бенедикта XVI Паоло Габриэле за передачу конфиденциальных материалов журналисту Джанлуиджи Нуцци, которые тот включил в книгу "Его святейшество: тайные письма Бенедикта XVI". Суд Ватикана признал Габриэле виновным в краже, приговорив к полутора годам тюрьмы, но папа помиловал осужденного.
Неоднократно католических священников обвиняли в педофилии. В 2009 году в Ирландии 46 священникам были предъявлены обвинения в насилии в отношении малолетних детей в 1975-2004 годах. Затем последовали аналогичные разоблачения в других странах. В СМИ даже появлялись материалы о личной причастности папы к сокрытию таких преступлений.
Бенедикт XVI не раз становился объектом критики представителей других религий. 12 сентября 2006 года он вызвал недовольство мусульман, процитировав слова византийского императора Мануила II о том, что пророк Мухаммед принес миру лишь "зло и бесчеловечность". В октябре 2008 года Бенедикт XVI инициировал канонизацию папы Пия XII, которого представители еврейских общин обвиняют в бездействии во время холокоста.
Уходящий понтифик запомнится стремлением использовать технические инновации в общении с паствой. В январе 2009 года он обзавелся собственным каналом на YouTube, а в декабре 2012 года — микроблогом в Twitter.