17 мая 2000 года была ликвидирована Федеральная служба лесного хозяйства, ее функции передали Минприроды. 12 марта 2004 года образовано Федеральное агентство лесного хозяйства (Рослесхоз), которое получило все профильные полномочия министерства, за исключением нормотворческих и надзорных. 13 мая 2008 года агентство было передано в ведение Минсельхоза. 27 августа 2010 года Рослесхоз переподчинили напрямую правительству, одновременно наделив его функциями по выработке госполитики и нормативно-правовому регулированию, а также контролю и надзору. 22 мая 2012 года агентство вновь стало подведомственным Минприроды, которому передали полномочия по выработке государственной лесной политики.
12 марта 2004 года вместо Государственного комитета по рыболовству было создано Федеральное агентство по рыболовству, получившее правоприменительные функции и подчиненное Минсельхозу. 26 сентября 2007 года агентство опять преобразовали в комитет, передав ему ряд функций Минсельхоза и Россельхознадзора и поставив под руководство правительства. 13 мая 2008 года комитет вновь стал агентством и вновь был подчинен Минсельхозу, но уже 3 июня 2008 года Росрыболовство сделали подведомственным правительству. С 22 мая 2012 года ведомство опять вернули Минсельхозу.
Отдельного федерального исполнительного органа власти, ответственного за охотничье хозяйство, не существует. До 1994 года эту роль играло Главное управление охотничьего хозяйства при Министерстве сельского хозяйства. В настоящее время полномочия по регулированию охоты распределены между Минсельхозом и Минприроды.