В СССР транспортный налог взимался с начала 1920-х годов. В перечень облагаемого налогом транспорта тогда входили самодвижущиеся экипажи, лошади, велосипеды и пр. Размер налога с самодвижущихся экипажей в начале 1930-х годов составлял от 6 руб. до 15 руб. за одну лошадиную силу (л. с.) за полугодие (первоначально — в зависимости от размера населенного пункта). Последние ставки были установлены Верховным советом СССР 21 марта 1988 года — владельцы автомобилей ежегодно уплачивали "в доход союзного бюджета" по 50 коп. за 1 л. с.
Закон "О дорожных фондах в РСФСР" от 18 октября 1991 года установил новые правила взимания "налога с владельцев транспортных средств" и впервые разделил легковые автомобили на категории — до 100 л. с. (владельцы платили по 50 коп. за 1 л. с.) и свыше 100 л. с. (1,3 руб. за 1 л. с.). С 1996 года налог стал полностью зачисляться в территориальные дорожные фонды.
С 1 января 2003 года "налог на пользование транспортным средством" заменил "транспортный налог", который был отнесен к разделу региональных сборов. Величина налога, порядок и сроки его уплаты были возложены на власти субъектов РФ. За федеральным центром закрепилось определение объекта налогообложения и предела налоговых ставок. Со сменой названия ставки налога значительно увеличились. К примеру, москвичи за 1 л. с. двигателя мощностью до 100 л. с. стали платить 5 руб. вместо прежних 3 руб.
В мае 2010 года тогдашний вице-премьер РФ Сергей Иванов заявил, что правительство может отменить налог взамен на повышение акциза на бензин. Эта инициатива была реализована лишь частично, когда в ноябре того же года Госдума приняла поправки, разрешившие региональным властям обнулить ставки для автомобилей мощностью до 150 л. с. за счет увеличения акциза на топлива, 80% от которого идет в региональные бюджеты.
С 1 января 2011 года базовые ставки транспортного налога в Налоговом кодексе РФ колеблются от 2,5 руб. за 1 л. с. для маломощных автомобилей (до 100 л. с.) до 15 руб. за 1 л. с. на транспортные средства большой мощности (свыше 250 л. с.). Закон также позволяет субъектам повышать или понижать налоговые ставки, но не более чем в десять раз.