19 июля 2012 года Счетная палата РФ опубликовала результаты промежуточной проверки эффективности использования средств на строительстве объектов саммита АТЭС в период с 2009 по 2011 годы. Общий объем выявленных нарушений составил 6,46 млрд руб., в том числе по администрации Приморского края — 3,2 млрд руб. (нарушения на 241 млн руб. устранены после проверки), ФКУ "Дальневосточная дирекция Минрегиона РФ" (госзаказчик и координатор на всех строившихся к саммиту объектах) — 3,17 млрд руб.
29 октября сотрудники ФСБ в рамках "проверки оперативной информации" провели обыск в офисе Дальневосточной энергетической управляющей компании (ДВЭУК) во Владивостоке. В пресс-службе УФСБ по Приморью сообщили, что "неустановленные сотрудники ДВЭУК" с 2009 года осуществляли нецелевое использование бюджетных средств, выделенных на строительство объектов саммита АТЭС. Пресс-служба компании в ответ заявила, что строительство объектов саммита ДВЭУК вела за счет собственных средств. Задержаний по итогам обысков не было.
8 ноября сотрудники МВД провели обыски в офисах Министерства регионального развития РФ в Москве и "Дальневосточной дирекции Минрегиона" во Владивостоке. Обыски проводились в рамках дела о мошенничестве, возбужденного следственным департаментом МВД по факту хищения 93,3 млн руб., выделенных на строительство объектов саммита АТЭС. По версии следствия, хищения осуществлялись при страховании строительства объектов, стоимость которых многократно завышалась. 9 ноября по этому делу был задержан и арестован бывший заместитель главы Минрегионразвития Роман Панов, который с октября возглавлял правительство Пермского края. Подозреваемым по делу также проходит глава ФКУ "Дальневосточная дирекция Минрегиона" Олег Букалов. Источники в правоохранительных органах утверждали, что сотрудники ФКУ могли быть причастны к хищению 178 млн руб.