4 декабря 1998 года художник Авдей Тер-Оганьян на ярмарке "Арт-Манеж" провел перформанс "Юный безбожник", в ходе которого рубил топором репродукции икон. Прокуратура завела дело по ч. 1 ст. 282 УК РФ (возбуждение религиозной вражды). Художник уехал в Чехию, став политическим беженцем.
1 апреля 2000 года у храма Святителя Николая в Москве состоялся перформанс Олега Мавроматти, распявшего себя на кресте и выжегшего на своем теле надпись "Я не Сын Божий". После возбуждения дела по ст. 282 УК он уехал в Болгарию.
14 января 2003 года в центре имени Сахарова открылась выставка "Осторожно, религия!", среди экспонатов были макет храма из водочных бутылок и рекламный щит Coca-Cola с ликом Христа. На директора центра Юрия Самодурова, его сотрудницу Людмилу Василовскую и художницу Анну Михальчук завели дело по п. "б" ч. 2 ст. 282 УК (возбуждение религиозной вражды с использованием служебного положения). 28 марта 2005 года Таганский суд оштрафовал представителей центра на 100 тыс. руб. каждого, оправдав художницу.
7 марта 2006 года в центре имени Сахарова открылась выставка "Запретное искусство", на которой демонстрировались распятие с орденом Ленина и изображение Христа с головой Микки-Мауса. После обращения православной организации "Народный собор" прокуратура возбудила дело по п. "б" ч. 2 ст. 282 УК. 12 июля 2010 года организаторы выставки Юрий Самодуров и Андрей Ерофеев были оштрафованы на 200 тыс. руб. и 150 тыс. руб. соответственно.
21 февраля 2012 года панк-группа Pussy Riot провела акцию в храме Христа Спасителя (ХХС), исполнив песню "Богородица, Путина прогони". В марте были задержаны активистки группы Надежда Толоконникова, Екатерина Самуцевич и Мария Алехина. Им предъявили обвинения по ч. 2 ст. 213 УК (хулиганство, совершенное по мотивам религиозной ненависти). 17 августа Хамовнический суд приговорил каждую к двум годам колонии.
8 июля 2012 года мировой суд в Новосибирске оштрафовал на 500 руб. художника Артема Лоскутова по ст. 5.26 КоАП (оскорбление религиозных чувств граждан) за размещение в рекламных лайтбоксах портретов участниц Pussy Riot, стилизованных под иконы.
24 июля 2012 года общество защиты прав потребителей "Общественный контроль" разместило на своем сайте статью с утверждением, что значительную часть ХХС занимает бизнес-центр. 18 сентября прокуратура Москвы возбудила в отношении общества и его главы дело по ч. 3 ст. 5.60 КоАП (клевета).