2 июля 2003 года глава МФО МЕНАТЕП, совладелец ЮКОСа Платон Лебедев был задержан сотрудниками Генпрокуратуры и ФСБ в госпитале имени Вишневского, где проходил лечение. 3 июля Басманный суд санкционировал его арест по подозрению в хищении 20% акций АО "Апатит". Генпрокуратура предъявила бизнесмену обвинения в мошенничестве, причинении имущественного ущерба путем обмана и неисполнении судебного решения. Позже к ним добавились обвинения в уклонении от уплаты налогов, а также присвоении или растрате.
В марте 2004 года дело было направлено в суд и вскоре объединено с делом экс-главы ЮКОСа Михаила Ходорковского.
В январе 2005 года, еще до окончания процесса, Генпрокуратура объявила о начале нового расследования против обоих бизнесменов.
31 мая 2005 года Мещанский суд приговорил Платона Лебедева и Михаила Ходорковского к 9 годам колонии общего режима. В сентябре Мосгорсуд снизил сроки заключения до 8 лет. В октябре Лебедев был доставлен в отдаленную колонию в поселке Харп в Ямало-Ненецком автономном округе.
16 февраля 2009 года Генпрокуратура утвердила обвинительное заключение по второму делу ЮКОСа. Процесс стартовал в Хамовническом суде 3 марта 2009 года.
30 декабря 2010 года совладельцы ЮКОСа были признаны виновными в хищении 200 млн т нефти и легализации денежных средств, полученных преступным путем, на сумму 487 млрд руб. и более $7,5 млрд, и приговорены к 14 годам заключения. В мае 2011 года Мосгорсуд сократил сроки до 13 лет.
27 мая 2011 года Лебедев подал в Преображенский райсуд Москвы ходатайство об условно-досрочном освобождении (УДО), так как он к тому моменту отбыл в заключении более половины срока, а также не имел непогашенных взысканий. Суд оставил ходатайство без рассмотрения, поскольку к нему не были приложены все необходимые документы.
В июне 2011 года Лебедева этапировали в исправительную колонию N14 под городом Вельском в Архангельской области, где он подал новое прошение об УДО. 27 июля Вельский районный суд отказал заявителю на том основании, что тот "не встал на путь исправления".