Первым президентом Российского футбольного союза в 1992 году стал бывший председатель Федерации футбола СССР Вячеслав Колосков. Несмотря на то что сборная долгое время не показывала выдающихся результатов, кресло под ним зашаталось только осенью 2004 года — после конфликта с главой Федерального агентства по физкультуре, спорту и туризму Вячеславом Фетисовым. Формальными претензиями стали провальное выступление на чемпионате Европы-2004 и неудачное начало отбора к чемпионату мира-2006. Фактически его судьба была решена 18 ноября, когда на встрече с членами фракции "Единая Россия" президент Владимир Путин заявил, что Вячеслав Колосков — "хороший человек, но не справляется с работой в новых условиях". 27 января 2005 года господин Колосков подал в отставку, заявив, что принимал решение самостоятельно, хотя и "посоветовался с товарищами из Кремля".
2 апреля 2005 года новым президентом РФС практически единогласно был избран поддержанный Кремлем экс-президент "Зенита" сенатор Виталий Мутко. В 2008 году он был одновременно назначен министром спорта, туризма и молодежной политики, а 23 октября 2009 года президент Дмитрий Медведев потребовал заменить в течение месяца возглавляющих российские спортивные федерации чиновников "профессионалами, уделяющими своему виду спорта 24 часа в сутки". Ровно через месяц господин Мутко подал заявление об отставке.