С июня 1990 года в составе правительства РСФСР существовали Министерство сельского хозяйства и продовольствия, а также Министерство хлебопродуктов. 30 июля 1991 года последнее было преобразовано в Министерство заготовок, а 12 ноября — в комитет по хлебопродуктам при Министерстве торговли.
15 ноября 1991 года на базе Министерства сельского хозяйства и продовольствия и государственного комитета по земельной реформе и поддержке крестьянских (фермерских) хозяйств было создано Министерство сельского хозяйства. Впоследствии к названию ведомства еще два раза (в 1992 и 1994 годах) добавляли слово "продовольствия", а затем два раза (в 1993 и 2000 годах) убирали его. Нынешнее название — Министерство сельского хозяйства Российской Федерации — установлено указом президента от 17 мая 2000 года.