Так называемый ногайский диверсионный батальон был сформирован в Чечне 1999 году при участии Шамиля Басаева (убит в 2006 году) и насчитывал до сорока человек. В августе 1999 года «ногайцы» участвовали в нападении боевиков на Дагестан, в октябре — атаковали колонну федеральных сил в Чечне (погибли 15 военнослужащих). После разгрома боевиков в Чечне отряд занялся диверсионной деятельностью.
20 июня 2003 года один из «ногайцев» подорвал «КамАЗ» в Грозном у здания оперативно-разыскного бюро управления МВД по Южному федеральному округу (пострадали 36 человек). В сентябре того же года участникам отряда приписывали подрыв электрички в Ессентуках (погибли шесть человек) и теракт у здания УФСБ Ингушетии (три человека погибли и 32 получили ранения).
Первый серьезный удар по «ногайцам» был нанесен в октябре 2002 года, когда на Ставрополье были задержаны восемь участников банды, которых обвинили в убийстве пяти милиционеров (осуждены на сроки от трех до 14 лет). В июле 2004 года в уничтожении двух активных членов «батальона», в том числе его лидера Улуби Елгушиева, в Кизляре участвовали десятки спецназовцев и сотрудников МВД. В бою были убиты и ранены несколько бойцов ОМОНа. 9–10 февраля 2006 года в ходе боя с применением артиллерии и авиации на Ставрополье уничтожены еще восемь боевиков «батальона». Погибли семь сотрудников милиции, шесть получили ранения. В 2009 году были осуждены еще семь «ногайцев», обвинявшихся в нападении на военнослужащих в Чечне.
В 2010 году террористическая деятельность «ногайцев» вновь активизировалась. Им приписывали подрыв «Жигулей» в Пятигорске 17 августа (пострадали 30 человек) и подрыв палаточного городка на полигоне «Дальний» под Буйнакском 5 сентября (погибли четверо военнослужащих).
В последний раз о «ногайском батальоне» заговорили после теракта в аэропорту Домодедово 24 января 2011 года. На причастность к взрыву проверяли члена «ногайского джамаата» Виталия Раздобудько, однако позже эту версию опровергли. Сам Раздобудько и его жена 14 февраля того же года совершили двойной теракт в Дагестане (погибли военнослужащий и сотрудник МВД).