Первые письменные свидетельства о покорении территории теперешнего Восточного Туркестана китайскими войсками императора Ву-Ти (династия Хань) относятся ко II веку до н. э. После падения династии Хань в III в. Северный Китай распадается на ряд мелких княжеств. В III-VIII вв. династия Тан снова подчиняет себе регион. В 751 году мусульманские войска арабского халифата громят китайцев и выбивают их с территории теперешних Киргизии и Узбекистана. Со временем арабы и персы обращают в ислам тюрков и часть местных китайцев (они получили название дунган). В VIII-XVIII вв. в Туркестане возникают и распадаются мощные государственные образования тюрков и иранцев (Уйгурская империя, государства Караханидов, татаро-монгольская Орда, империя Тимура и др.) Тюркско-монгольские войска громят Китай, Корею, Русь, Иран, Арабский халифат и доходят до Италии и Вьетнама.
В 1760 г. войска хань-китайцев побеждают тюрков и оккупируют территорию Восточного Туркестана. В XIX в. в Западный Туркестан входят войска Российской и Британской империй. Их военное противостояние приводит к разделу Туркестана на колониальные зоны влияния. К северу от реки Аму-Дарья начинается российский протекторат, к югу — британский. В 1863-1882 гг. уйгуры под руководством Якуб-бека громят китайские гарнизоны в Восточном Туркестане и пытаются создать пантюркистский альянс с Османской империей. Китайцы разбивают бунтовщиков и снова подчиняют Восточный Туркестан. Он получает название Синьцзян (Новая пограничная территория).
В 1910-1930 гг. вспыхивает серия тюркских бунтов против российской и китайской администраций. 12 ноября 1933 г. в городе Кашгаре провозглашается независимая Республика Восточный Туркестан. Ее президентом становится Ходжа Нияз Хаджи. В Восточный Туркестан входит Красная Армия и упраздняет режим Хаджи. 1940-1944 гг. — серия новых бунтов уйгуров и казахов под руководством Осман Батыра против советских и китайских войск. 7 ноября 1944 г. уйгурский президент Али Хан Тере провозглашают независимость Восточного Туркестана. Уйгуры пытаются заручиться поддержкой японцев и режима Чан Кайши. 15 июня 1946 г. Кашгар соглашается на протекторат Пекина. В 1949 г. при загадочных обстоятельствах разбивается самолет, в котором лидеры Восточного Туркестана летели на переговоры в Пекин. Осенью 1949 г. армия Мао упраздняет уйгурскую административную и религиозную автономию. В 1950-1972 гг. Пекин подавляет свыше 60 крупных бунтов уйгуров и казахов. По западным оценкам, в них погибли 360 тыс. туркестанцев, свыше 500 тыс. были осуждены на большие сроки заключения. В 1962 г. 50 тыс. казахов и уйгуров прорываются из КНР в СССР. В СУАР возникает разветвленная сеть колоний и исправительных лагерей, в которых строительно-хозяйственными работами заняты сотни тысяч человек со всего Китая.
1991-1996 гг. Распад СССР приводит к активизации мусульманских сепаратистов, которые стремятся к альянсу с тюркоязычными государствами СНГ.