10 июля 2004 года УБЭП обыскал московский офис аудиторской фирмы "АристаЛюкс" в рамках дела о преднамеренном банкротстве ее клиента ГУП "Главное агентство воздушных сообщений гражданской авиации". Фирма оспорила действия силовиков. Дело дошло до Конституционного суда, который признал незаконность выемок у аудиторов без решения суда.
В 2006-2007 годах Мосарбитраж удовлетворил два иска налоговиков к компании "ПрайсвотерхаусКуперс Аудит", назвав ее "участником реализации незаконных налоговых схем" НК ЮКОС и взыскав 290 млн руб. якобы неуплаченных налогов. Фирма оспорила претензии и в 2008 году добилась признания аудита ЮКОСа законным, а в 2009-м — отмены налоговых претензий.
В ноябре 2008 года в рамках дела об уклонении от уплаты налогов фондом Hermitage Capital был арестован партнер аудиторской фирмы Firestone Duncan Сергей Магнитский. Его обвинили в содействии руководству Hermitage. 16 ноября 2009 года господин Магнитский скончался в СИЗО "Матросская Тишина".