В декабре 2005 года губернатор выступила в Госдуме с инициативой о переезде в Петербург Конституционного суда (КС), пообещав создать ему «более комфортные условия для работы». Против предложения выступил ряд судей КС, однако переезд состоялся в 2008 году.
В июле 2007 года губернатор сообщила о начале подготовки «экономического обоснования» объединения Петербурга с Ленинградской областью. Впоследствии она неоднократно высказывалась в пользу слияния двух субъектов, последний раз — после обнародованного Дмитрием Медведевым в июне 2011 года предложения о создании столичного федерального округа.
В мае 2007 года Валентина Матвиенко рекомендовала городским чиновникам хотя бы раз в месяц ездить на работу на общественном транспорте. В 2010 году местные СМИ сообщали, что чиновники высшего уровня в городском транспорте до сих пор зрелище крайне редкое.
В феврале 2010 года градоначальница на совещании по проблемам ЖКХ предложила сбивать сосульки с крыш лазером или горячим паром. В следующую зиму ситуация с уборкой снега в городе не улучшилась. После того как из-за упавшей с крыши ледяной глыбы погиб ребенок, в городе начали раздаваться требования об отставке губернатора.
В январе 2011 года Валентина Матвиенко отправила премьеру Владимиру Путину письмо с просьбой лишить Санкт-Петербург статуса исторического поселения, который обязывает местные власти согласовывать все градостроительные проекты с Росохранкультурой. Инициатива вызвала скандал в СМИ, ряд общественных деятелей обратилась к премьеру с просьбой отклонить это предложение. Окончательное решение пока не принято.