Родился 4 марта 1949 года в Сухуми. В 1972 году окончил Грузинский институт субтропического хозяйства (Сухуми), получив специальность "агроном". Во время учебы подрабатывал рабочим на винном заводе и инкассатором. После вуза год трудился начальником агрономического отдела в совхозе. В 1973-1974 годах проходил срочную службу в вооруженных силах. С 1975 года — на комсомольской и партийной работе. С 1979 года — первый секретарь Абхазского обкома комсомола. В 1982 году назначен первым секретарем Очамчирского райкома Компартии Грузии. В 1989 году, в самом начале грузино-абхазского конфликта, возглавлял ополченцев города Очамчира, был легко ранен в шею. Затем стал зампредом агропромышленного комитета Абхазской АССР. В 1991 году руководил Очамчирским райсоветом. С 1992 года — заместитель главы правительства Абхазии. Принимал активное участие в грузино-абхазской войне. В 1997 году возглавил правительство республики. В 1999 году назначен гендиректором госкомпании "Черноморэнерго". В августе 2004 года движение "Единая Абхазия" и объединение ветеранов грузино-абхазской войны "Амцахара" выдвинули кандидатуру Сергея Багапша в президенты Абхазии. 3 октября 2004 года выиграл президентские выборы, набрав 50,08% голосов, но его победу не признал "преемник" уходящего президента Рауль Хаджимба. При посредничестве России господин Багапш согласился на новое голосование и пошел на выборы вместе с господином Хаджимбой, который согласился стать вице-президентом. 12 января 2005 года этот тандем получил 91,5% голосов. 12 декабря 2009 года переизбран с 61,16%, вновь победив Рауля Хаджимбу. Был женат, остались сын и дочь.