После политического отделения в 2008 году Абхазии от Грузии произошел церковный раскол: абхазские священнослужители осенью 2009 года провозгласили свою независимость от Грузинской православной церкви (ГПЦ), под юрисдикцией которой она находится с XIX века. На столь радикальные шаги абхазское духовенство пошло после того, как в 2008 году Русская православная церковь (РПЦ) не поддержала их просьбу о вхождении в состав Московского патриархата. Позиция РПЦ в грузино-абхазском конфликте отличалась от позиции Кремля. Московская патриархия не раз заявляла о неизменности канонических границ ГПЦ, поскольку Грузинская церковь является главным союзником РПЦ в борьбе с раскольниками на Украине.
Позицию РПЦ относительно решения Абхазской церкви стать независимой в 2009 году изложил глава отдела внешних церковных связей Московского патриархата архиепископ Волоколамский Иларион, который заявил, что "изменение политических границ необязательно означает, что нужно также изменить церковные канонические границы", и в очередной раз подтвердил, что РПЦ "признает каноническую территорию Грузинской церкви, включая Абхазию и Южную Осетию".
На территории Абхазии расположены 11 действующих православных храмов и соборов, а также 2 монастыря. Еще 140 культовых сооружений не действуют.