Родился 28 января 1951 года в Самаре. Окончил Ошский пединститут и Высшую школу КГБ. Трудился помощником вальщика леса в Архангельской области, был секретарем комитета комсомола молодежной бригады арматурщиков в Киргизии. С 1975 года — на службе в органах госбезопасности. С 1987 года руководил контрразведкой в Ошской области Киргизии, затем одним из областных управлений. Участвовал в боевых действиях в Афганистане и Таджикистане.
В 1994 году возглавил службу безопасности Беломоро-Онежского пароходства (БОП) в Петрозаводске. В 1997 году перешел в центральный аппарат ФСБ. В марте 1998 года стал полномочным представителем президента России в Карелии. В декабре 1998 года господина Ушакова допрашивали по делу о растрате спонсорской помощи транспортной прокуратуре Карелии, выделенной БОП. Обвинений ему предъявлено не было. В мае 2000 года господин Ушаков вошел в политсовет движения "Единство", отказавшись при этом стать главой его московской ячейки.
7 сентября 2000 года механик БОП Валерий Каламажников в прямом эфире карельского телевидения обвинил Вячеслава Ушакова в причастности к убийству в марте 2000 года главы питерского концерна "Орими" Дмитрия Варварина. Господин Ушаков назвал механика "человеком, у которого обострения бывают весной, осенью".
11 сентября 2000 года стал начальником управления координации оперативной информации департамента анализа прогноза и стратегического планирования ФСБ. В 2002 году агентство "Стрингер" сообщило, что господин Ушаков руководил операцией "Двина", целью которой якобы было убийство лидеров Приднестровской Республики. В 2003 году назначен статс-секретарем, заместителем директора ФСБ. В 2004 году участвовал в переговорах с кандидатами в президенты Абхазии Сергеем Багапшем и Раулем Хаджимбой. В 2006 и 2008 годах возглавлял конкурсную комиссию ФСБ, которая награждала деятелей искусства за создание "на высоком художественном уровне образа сотрудников органов госбезопасности".
Генерал-полковник. Награжден орденом Дружбы, знаком "Почетный сотрудник контрразведки", молдавским орденом Stefan cel Mare. Женат, две дочери.