С момента образования Московского княжества в XIII веке управление городом осуществлял непосредственно московский князь. С возвышением Москвы функции главы городской администрации перешли к тысяцким, а после упразднения этой должности в 1373 году — к "большим наместникам московским".
С началом петровских реформ в 1700-х годах управление Москвой было передано губернатору. Значительную часть дореволюционной истории он делил полномочия с генерал-губернатором, поскольку Москва на определенном историческом этапе являлась одновременно центром губернии и генерал-губернаторства (специальной административно-территориальной единицы). В силу постоянных административных реформ название высшего должностного лица города регулярно менялось. Всего с начала XVIII века Москвой руководили семь вице-губернаторов, семь военных генерал-губернаторов, два военных губернатора, три военных губернатора и начальствующих (главноначальствующих) в Москве и губернии по гражданской части, 13 генерал-губернаторов, 14 главнокомандующих и один градоначальник. Периодически некоторые из этих должностей совмещал один и тот же человек. С 1914 года во главе города сменилось два главноначальствующих над Москвой, последний имперский руководитель именовался "главный начальник Москвы".
После Февральской революции 1917 года управление Москвой недолгое время осуществляли два комиссара Временного правительства и Московский городской голова.
В советской России формально высшим должностным лицом столицы был председатель исполкома Моссовета. Всего с 1917 по 1991 год этот пост занимало 16 человек, в том числе Лев Каменев и Николай Булганин. Де-факто же ключевой фигурой в управлении городом являлся первый секретарь горкома партии. С 1921 по 1991 год первыми секретарями работало 19 человек, самыми известными из них были Вячеслав Молотов, Лазарь Каганович, Никита Хрущев, Екатерина Фурцева и Борис Ельцин.
19 апреля 1991 года постановлением президиума Верховного совета РФСФР в Москве была введена должность мэра. По настоящее время ее занимали два человека — Гавриил Попов и Юрий Лужков.