После гибели Святослава Федорова без управления остался не только МНТК, но и многочисленная собственность, которую при жизни господина Федорова считали принадлежащей клинике. Это подмосковное хозяйство "Протасово-МГ", на территории которого действуют молочный комбинат, завод питьевой воды, фабрика племенных лошадей и шампиньонная ферма; завод по производству искусственных хрусталиков ЗАО "ЭТН Федоров"; издательство ЗАО "ИПЦ Федоров". Кроме того, структурам Федорова принадлежали акции отеля Iris Puilman, "Кока-Кола рефрешментс" (российское дочернее предприятие Coca-Cola) и "Московской сотовой связи". Самому Святославу Федорову принадлежал земельный участок в Сирии.
По словам начальника отдела научно-технических и внешних связей МНТК Бориса Фельдмана, ничего из этого имущества не принадлежит клинике. При этом собственность пока не может отойти и к наследникам господина Федорова — его семье. Дочь врача Ирина усомнилась в подлинности завещания, по которому вся собственность отошла супруге Федорова Ирэне. Ирина Станиславовна обратилась в адвокатскую контору "Добровинский и партнеры", чтобы опротестовать документ. Адвокат поместила в ряде газет объявление, в котором просила откликнуться людей, готовых подтвердить подлинность существующего завещания. Их розыски пока безрезультатны.