С тех пор как в сентябре 2002 года "Моссад" возглавил Меир Даган, эту спецслужбу неоднократно обвиняли в политических убийствах. В большинстве случаев никаких улик предоставлено не было, а израильские власти не комментировали обвинения.
В марте 2003 года в Ливане при взрыве автомобиля погиб глава ячейки "Аль-Каиды" Абу Мухаммед аль-Масри.
В сентябре 2004 года в Дамаске взорван в своей машине один из лидеров "Хамаса" Изеддин Аль-Шейх Халиль, готовивший операции за пределами палестинских территорий.
В мае 2006 года в Сайда (Ливан) под автомобилем лидера палестинской группировки "Исламский Джихад" Мухамада аль-Маджуба сработала бомба. Погиб он и его брат.
В январе 2007 года иранские власти сообщили об "отравлении газом" физика-ядерщика Ардешира Хассанпура. Подробности происшествия неизвестны, СМИ называли среди причин гибели Хассанпура операцию израильских спецслужб.
В феврале 2008 года в Дамаске жертвой подрыва автомобиля стал один из лидеров "Хезболлы" Имад Мугния, организовавший сотни терактов в разных странах.
В апреле 2008 года в Дамаске в ДТП погиб секретарь главы "Хамаса" Хишам Фаиз абу-Либда. Виновный в аварии водитель скрылся с места происшествия и не был найден.
В августе 2008 года в Тартусе (Сирия) застрелен снайпером сирийский генерал Мухамад Сулейман. По некоторым сведениям, он отвечал за связи Дамаска с "Хезболлой".
В январе 2010 года в Тегеране при взрыве бомбы погиб иранский физик Масуд Али Мохаммади.
В январе 2010 года в Дубае в номере отеля найден мертвым один из лидеров "Хамаса" Махмуд аль-Мабух, курировавший поставки оружия в Газу. На его теле обнаружены следы удушения и электрошока.