В декабре 2005 года МВД начало расследование дела об уклонении от уплаты налогов на 12 млрд руб. уфимскими НПЗ с помощью структур ОАО "Корус-холдинг", которое, до того как в декабре 2001 года стать сенатором, возглавлял Игорь Изместьев. В апреле 2006 года ФСО через суд добилась решения о сносе особняка господина Изместьева на Рублево-Успенском шоссе в 600 м от президентской резиденции "Ново-Огарево". В июне 2006 года Генпрокуратура возбудила дело о попытке дачи взятки в $10 тыс. подполковнику ФСБ Ольге Нужденовой за информацию о деле "Корус-холдинга".
30 ноября 2006 года госсобрание Башкирии проголосовало за отзыв господина Изместьева из Совета федерации, обвинив его в "предпринимательской деятельности". 13 декабря, не дожидаясь прекращения полномочий, он сам подал в отставку и покинул страну.
16 января 2007 года экс-сенатор задержан в Киргизии и вывезен в Москву. 24 января Генпрокуратура официально обвинила его в организации убийств нотариуса Галины Перепелкиной и сотрудника фирмы "Ронекс" Олега Булатова. Обвинение строилось на показаниях членов кингисеппской ОПГ Сергея Финагина и Александра Иванова, заявивших, что Игорь Изместьев был лидером их группировки.
В апреле 2007 года господину Изместьеву добавили обвинение в покушении на предпринимателя Михаила Орлова, в ноябре — в убийствах бухгалтера Башкирской нефтехимической компании Валерия Сперанского и директора по производству Ново-Уфимского НПЗ Салавата Гайнанова. В сентябре 2007 года он официально обвинен в организации взятки сотруднице ФСБ Ольге Нужденовой. В марте 2008 года добавились обвинения в терроризме (взрыв автомобиля во время избирательной кампании в Башкирии), убийстве руководителя ЗАО "ВМС-Октан" Василия Хитаришвили, покушении на предпринимателя Юрия Бушева, поджоге машины и типографии, в апреле — в покушении на сына президента Башкирии Урала Рахимова. В декабре 2008 года ему также предъявили обвинения в уклонении от уплаты налогов с "Корус-холдинга".
10 июня 2009 года Генпрокуратура направила дело экс-сенатора и 12 его сообщников в Мосгорсуд. 5 августа началось рассмотрение дела по существу.