19 августа 1997 года, на следующий день после убийства, начальник ГУВД Санкт-Петербурга Анатолий Понеделко назвал главной причиной преступления служебную деятельность Михаила Маневича, решавшего все вопросы приватизации в Санкт-Петербурге. Следствие также заявляло, что отрабатывает версии политического убийства и убийства на бытовой почве.
Свои версии выдвигали СМИ. Например, газета "Деловой Петербург" 20 августа писала, что чиновника могли убить противники Анатолия Чубайса, поскольку он был одним из его казначеев и другом. По версии издания, покушение также могло стать репетицией убийства другого важного лица или "акцией устрашения". Газета "Труд" 21 августа связывала смерть вице-губернатора с тем, что он защитил Северо-Западное речное пароходство от банкротства, которого добивались кредиторы.
В ноябре 1997 года в убийстве признались задержанные ранее двое членов нелегальной организации "Реввоенсовет". Их показания не подтвердились.
В июле 1998 года объявлено о раскрытии убийства господина Маневича и задержании членов банды Андрея Челышева (по кличке Ферганец), якобы исполнивших заказ. В ходе следствия эта версия не подтвердилась. Впоследствии исполнение убийства приписывалось банде Владимира Беляева (Боб Кемеровский), киллерам Сергею Калягину и Сергею Максимову — их якобы ликвидировали заказчики преступления.
16 февраля 1999 года арестован депутат питерского парламента Юрий Шутов, который, по заявлению помощника депутата Госдумы Галины Старовойтовой Руслана Линькова, конфликтовал с Михаилом Маневичем. Якобы вице-губернатор выступал против того, чтобы депутат вошел в совет директоров Петербургской топливной компании. 19 февраля 2006 года Юрия Шутова приговорили к пожизненному заключению за организацию ряда убийств, но обвинения по "делу Маневича" не были доказаны.
1 октября 2001 года "Новая газета" опубликовала материалы допроса депутата Госдумы Вячеслава Шевченко, заявившего, что заказчиком убийства является губернатор Санкт-Петербурга Владимир Яковлев или его заместитель Владимир Яцуба. Господин Маневич якобы мешал губернатору проводить сомнительные сделки с собственностью города.