12 июня 1991 года одновременно с первыми президентскими выборами в России прошли первые прямые выборы глав регионов — в Москве, Санкт-Петербурге и Татарии. К этому моменту республики в составе РСФСР добились права вводить выборные должности президентов. 22 августа 1991 года президент Борис Ельцин ввел в краях, областях и автономных округах должность главы администрации, назначаемого президентом по согласованию с местными советами.
С 1993 года по решению съезда народных депутатов выборы губернаторов могли проводиться с санкции президента или в регионах, где местный совет выразил недоверие президентскому назначенцу. При этом в рамках политики "берите столько суверенитета, сколько можете проглотить" главы субъектов получали широчайшие полномочия.
Принятый в декабре 1994 года закон "Об основных гарантиях избирательных прав граждан РФ" ввел повсеместные выборы глав исполнительной власти регионов. В 1996 году Конституционный суд подтвердил, что глава субъекта не может назначаться местным парламентом, а должен избираться.
В мае 2000 года новый президент Владимир Путин начал борьбу с "губернаторской вольницей". Вскоре был введен институт полпредов президента в федеральных округах, следивших за работой губернаторов, а сами руководители регионов лишились возможности влиять на назначение глав местных силовых органов и потеряли места в Совете федерации. 13 сентября 2004 года после теракта в Беслане Владимир Путин объявил о новой реформе власти, предполагавшей утверждение глав субъектов местными парламентами по представлению президента. Соответствующий закон был принят уже в декабре и вступил в силу с 2005 года. По новой процедуре первоначальный отбор претендентов возлагался на полпредов в федеральных округах, а затем руководитель администрации президента представлял главе государства не менее двух кандидатов. Одновременно губернаторам возвращался отобранный в 2000 году контроль над силовиками.
25 апреля 2005 года в послании Федеральному собранию Владимир Путин предложил, чтобы один из вносимых президенту претендентов на пост губернатора выдвигался победившей на региональных выборах партией. В декабре соответствующие поправки были одобрены парламентом.