В 2008 году ФСБ пресекла деятельность 48 кадровых сотрудников и 101 агента зарубежных спецслужб (в 2007 году 22 и 71 соответственно). Из агентов 76 были иностранцами, 25 — россиянами. Выдворено девять иностранцев против четверых годом ранее. В частности, выявлена агентурная сеть спецслужб Грузии, осуждены россияне, шпионившие на Литву и Китай.
По данным ФСБ, ее сотрудники на Северном Кавказе уничтожили 200 боевиков и задержали свыше 680, предотвратили 97 терактов (в 2007 году нейтрализованы 500 боевиков, предотвращено 70 терактов). Тем не менее, по данным МВД, в январе--ноябре в стране было совершено десять терактов. В частности, не удалось предотвратить взрыв маршрутки во Владикавказе (12 погибших) и шесть взрывов в Сочи.
В экономической сфере ведомство пресекло нанесение ущерба государству в размере 55 млрд руб., в четыре раза превысив прошлогодний показатель. По данным СМИ, данные проверки ФСБ дали премьеру Владимиру Путину основание раскритиковать главу компании "Мечел" Игоря Зюзина. По материалам ФСБ возбуждено 1300 уголовных дел о коррупции, осуждены свыше 500 человек. Вынесены приговоры ряду чиновников, например экс-сенатору Левону Чахмахчяну и вице-губернатору Приморья Александру Шишкину.
Отражено 1,2 млн хакерских атак, из них более 280 тыс. на сайт президента РФ. На телефон доверия ФСБ поступило более 14 тыс. сообщений.
Одним из самых резонансных дел ФСБ стало обвинение в промышленном шпионаже сотрудников ТНК-ВР и Британского совета братьев Заславских. Громким провалом был развал в суде дела о покушении на губернатора Санкт-Петербурга Валентину Матвиенко.
Важным административным достижением ведомства стала отмена Госдумой участия присяжных в делах о терроризме, что облегчило сотрудникам спецслужб задачу ведения таких процессов. Кроме того, в конце года ФСБ получила от премьера право использовать машины со специальными цветографическими схемами.
Более 800 сотрудников награждены орденами и медалями, 15 из них — посмертно. Статистика небоевых потерь имеется только для погранслужбы ФСБ — 35 человек.