12 августа 2000 года в Баренцевом море затонула АПЛ "Курск", погибли 118 подводников. Спустя 11 дней, 23 августа, Владимир Путин сообщил, что не принял рапорты об отставке министра обороны маршала Игоря Сергеева, главкома ВМФ Владимира Куроедова и командующего СФ Вячеслава Попова, добавив: "Если кто-то виноват, то он должен быть наказан, но никаких огульных расправ не будет". 1 декабря 2001 года, после обнародования первых итогов расследования, отправлены в отставку, уволены или понижены в должности 14 офицеров флота, в том числе Вячеслав Попов и начштаба СФ Михаил Моцак.
27 августа 2000 года произошел пожар на Останкинской телебашне. Погибли три человека, было нарушено вещание на Московский регион. На следующий день президент заявил, что ЧП показало, "в каком состоянии находятся жизненно важные объекты и вся страна в целом". 25 сентября Генпрокуратура обвинила в халатности главу Главного центра радиовещания и телевидения Вячеслава Мисюлина и начальника УГПС Москвы Леонида Коротчика. Их вина не была доказана, и дело закрыли.
22 июня 2002 года на юге России началось крупномасштабное наводнение. Через неделю Владимир Путин посетил пострадавшие регионы, подверг критике действия местных властей и дал указание срочно все восстановить. До конца года в отставку за срыв восстановления отправлены несколько глав районов Краснодарского края и мэр Новороссийска Валерий Прохоренко.
23 октября 2002 года террористы захватили более 900 человек в театральном центре на Дубровке. При штурме 26 октября погибли 129 заложников. Через несколько часов Владимир Путин в телеобращении выразил соболезнования близким погибших и поблагодарил участников операции. 25 ноября президент встретился с руководителями СМИ и подверг критике действия ряда телеканалов, освещавших захват. 21 января 2003 года гендиректор НТВ Борис Йордан подал в отставку.
30 августа 2003 года в Баренцевом море при буксировке к месту утилизации затонула списанная АПЛ К-159. Погибли девять моряков. Владимир Путин на следующий день заверил, что причины трагедии будут тщательно изучены. 3 сентября Главная военная прокуратура предъявила обвинение в нарушении правил кораблевождения капитану II ранга Сергею Жемчужнову, руководившему буксировкой. 11 сентября указом президента от должности отстранен командующий СФ Геннадий Сучков, обвиненный в халатности. 18 мая 2004 года Северный морской военный суд приговорил его к четырем годам лишения свободы условно.
14 февраля 2004 года обрушился купол "Трансвааль-парка" в Москве, погибли 28 человек. Через два дня Владимир Путин заявил, что "виновные должны понести наказание". 28 марта 2005 года спецкомиссия назвала причины трагедии: неверные конструктивные решения и просчеты в проектировании. 1 апреля архитектору Нодару Канчели предъявлено обвинение.
В ночь на 22 июня 2004 года группа боевиков совершила нападение на Ингушетию. Погибли 79 человек, около 100 ранены. На следующий день Владимир Путин лично прибыл в Назрань и заявил, что "федеральный центр недостаточно делает для того, чтобы защитить республику". 19 июля начальник Генштаба Анатолий Квашнин, командующий СКВО Владимир Болдырев, главком ВВ МВД Вячеслав Тихомиров, командующий СКВО ВВ Михаил Лабунец и замглавы ФСБ Анатолий Ежков отправлены в отставку.
1 сентября 2004 года в Беслане боевики захватили школу. При штурме погибли 330 человек. 4 сентября в телеобращении президент пообещал "подготовить комплекс мер, направленных на укрепление единства страны". 13 сентября он огласил их перечень, в который вошла, например, отмена принципа избираемости губернаторов. С 4 сентября в Северной Осетии проходили митинги с требованием отставки главы республики Александра Дзасохова. 31 мая 2005 года он подал в отставку.