В феврале 1996 года возбуждено дело против губернатора Вологодской области Николая Подгорнова по обвинению во взяточничестве, превышении полномочий и хищении госсредств. 17 мая 1996 года он снят с должности, а 6 октября проиграл выборы. 4 декабря 1998 года Вологодским облсудом признан виновным в хищении госсредств, приговорен к году условно, 150 руб. штрафа и амнистирован. 28 октября 1999 года после пересмотра дела Верховным судом приговорен к семи годам с частичной конфискацией, 15 июня 2000 года амнистирован.
31 декабря 1996 года против главы Марий Эл Владислава Зотина возбуждено дело по фактам превышения полномочий и препятствования осуществлению избирательных прав граждан, 22 декабря господин Зотин проиграл выборы. 14 мая 1997 года дело прекращено по состоянию здоровья обвиняемого и в связи с тем, что его действия "не имели серьезных последствий".
В октябре 2000 года возбуждено дело против главы Курской области Александра Руцкого в связи с незаконной приватизацией служебной квартиры в Курске. 22 октября он снят с выборов. 25 января 2002 года Ленинский райсуд Курска признал приватизацию законной.
В октябре 2000 года возбуждено дело против смоленского губернатора Александра Прохорова за хищения и незаконное финансирование дорожного строительства. В мае 2002 года он проиграл выборы. 22 сентября 2004 года Ленинский райсуд Смоленска приговорил его трем годам тюрьмы и амнистировал.
В январе 2002 года прокуратура Ненецкого АО возбудила против главы округа Владимира Бутова дело по обвинению в злоупотреблении служебным положением, а 10 апреля 2002 года — по факту отказа исполнять решение суда о выдаче лицензии на Мусюшорское нефтяное месторождение. В декабре 2002 года дела закрыты по "реабилитирующим обстоятельствам". 22 августа 2003 года прокуратура Петроградского района Санкт-Петербурга возбудила против Бутова дело по факту избиения инспектора ГАИ Алексея Попова. 31 декабря 2004 года суд Петроградского района приговорил губернатора к трем годам лишения свободы условно с испытательным сроком два года.
25 апреля 2002 года возбуждено дело против губернатора Курской области Александра Михайлова по обвинению в растрате госсредств и мошенничестве при покупке жилья. 27 января 2003 года дело закрыто за отсутствием состава преступления.
30 сентября 2003 года Тверская облпрокуратура обвинила губернатора региона Владимира Платова в превышении полномочий и нанесении бюджету ущерба на 463 млн руб. 7 декабря он проиграл выборы. 9 декабря 2004 года в Таганском райсуде Москвы начался процесс по данному делу.
27 октября 2003 года против губернатора Камчатки Михаила Машковцева заведено дело по обвинению в халатности, приведшей к срыву отопительного сезона, а 17 марта 2004 года — по обвинению в превышении полномочий. 19 декабря Машковцев переизбран губернатором. Следствие продолжается.
17 мая 2004 года прокуратура Саратовской области предъявила саратовскому губернатору Дмитрию Аяцкову обвинения в злоупотреблении положением и превышении полномочий. 20 мая Генпрокуратура объявила об отмене постановления о возбуждении дела, и 7 июля обвинения с губернатора были сняты.
1 июня 2004 года Генпрокуратура возбудила дело по фактам нецелевого использования околобюджетных средств ярославским губернатором Анатолием Лисицыным. 20 августа ему предъявлено обвинение в превышении полномочий. Идет следствие.