Главной сепаратистской организацией на территории Тибетского автономного округа является центральная тибетская администрация — правительство Тибета в изгнании, штаб-квартира которого с 1959 года находится в городе Дхарамсала на севере Индии. По словам представителей администрации, ее юрисдикция распространяется не только на автономный округ, но и на часть территорий граничащих с ним провинций КНР, называемых "Историческим Тибетом".
Большое количество национальных движений действует в Синьцзян-Уйгурском автономном районе КНР, населенном уйгурами и другими мусульманскими народами. Крупнейшими из них являются Исламское движение Восточного Туркестана и Организация освобождения Восточного Туркестана. С момента присоединения региона к Китаю здесь произошло около 15 восстаний.
Другой крупной сепаратистской организацией является Народная партия Внутренней Монголии. Она действует в одноименном автономном округе, около 20% населения которого составляют монголы.