Родился 11 июля 1951 года в Ленинграде. Окончил Ленинградский кораблестроительный институт по специальности «инженер-механик» (1974), высшие курсы КГБ в Минске (1975).
С 1975 года работал в контрразведывательных подразделениях управления КГБ СССР по Ленобласти. В 1992 году назначен министром безопасности Республики Карелия. С 1994 года — руководитель ряда управлений Федеральной службы контрразведки, позже — ФСБ.
В 1998 году назначен замглавы администрации президента России — начальником главного контрольного управления, с октября 1998 года работал замдиректора ФСБ, руководителем департамента экономической безопасности. С 1999 по 2008 год — директор ФСБ. В 2001–2003 годах руководил контртеррористическими операциями на Северном Кавказе.
С 12 мая 2008 года — секретарь Совета безопасности РФ. Председатель межведомственной комиссии Совбеза по проблемам стратегического планирования и научного совета при ведомстве. Возглавляет наблюдательный совет Всероссийской федерации волейбола.
Генерал армии. Герой России. Полный кавалер ордена «За заслуги перед Отечеством», награжден орденами Александра Невского, Мужества, Почета, «За военные заслуги», «За морские заслуги». Доктор юридических наук. Женат, есть двое сыновей: Дмитрий — министр сельского хозяйства России, Андрей — предприниматель.