Родился 16 сентября 1952 года в Первоуральске (Свердловская область). Окончил Уральский политехнический институт (1975) и аспирантуру Московского института инженеров железнодорожного транспорта (1983).
После аспирантуры работал научным сотрудником НИИ голографических методов контроля при МИИТе. В 1989 году вместе с нынешним премьер-министром Грузии Бидзиной Иванишвили основал кооператив "Агропрогресс", торговавший компьютерной техникой. В 1990 году партнеры учредили банк "Российский кредит". Банк сумел скупить акции Лебединского, Стойленского и Михайловского ГОКов. В сентябре 1994 года господин Малкин сменил господина Иванишвили на посту президента банка. В 1995 году стал вице-президентом Российского еврейского конгресса. В 1996-1997 годах фигурировал в СМИ в качестве члена "семибанкирщины" — неформальной группы олигархов, финансировавших избирательную кампанию Бориса Ельцина. Помимо этого, в середине 1990-х годов совместно с Аркадием Гайдамаком занимался урегулированием госдолга Анголы перед Россией через фирму Abalone Investment. В кризис 1998 года покинул пост президента "Российского кредита", основные активы которого перешли Импэксбанку. В середине 2000-х годов вышел из совместного с Бидзиной Иванишвили бизнеса. Партнеры продали металлургические активы и Импэксбанк в общей сложности за $2,7 млрд.
С 1 января 2004 года представляет исполнительную власть Республики Бурятия в Совете федерации (переназначался в 2007 и 2012 годах). В настоящее время занимает пост зампреда комитета палаты по международным делам. В июле 2012 года возглавлял делегацию, прибывшую в США с целью убедить Конгресс не принимать "акт Магнитского".
По версии журнала Forbes, с состоянием $600 млн занимает 163-е место в списке богатейших людей России. Согласно декларации о доходах, в 2011 году стал самым богатым членом Совета федерации, заработав более 1 млрд руб. Зарубежной недвижимости сенатор не указывал, зато его супруге официально принадлежит земельный участок площадью 226,3 тыс. кв. м и жилой дом с хозяйственными постройками (2,2 тыс. кв. м) в Италии.