Большинство скандалов вокруг генпрокурора и его подчиненных связано с противостоянием с возглавляемым Александром Бастрыкиным следственным комитетом. Конфликт начался в ноябре 2007 года, спустя всего месяц после создания этой структуры в рамках Генпрокуратуры. Тогда ведомство предложило законопроект, по которому из ведения следственного комитета выводились преступления небольшой и средней тяжести (около 60%). Однако он не был одобрен руководством страны.
В дальнейшем ведомства господ Чайки и Бастрыкина неоднократно обвиняли друг друга в неэффективности. Взаимный поиск компромата привел к нескольким крупным скандалам. Таким, как незавершенное расследование уголовного дела по подозрению в превышении полномочий в отношении заместителя генпрокурора Александра Буксмана, осуждение на девять лет за взятку руководителя Главного следственного управления СК Дмитрия Довгия или неудачные попытки прокуратуры уволить главу следственного управления СК по Москве Анатолия Багмета.
В октябре 2010 года следственный комитет стал самостоятельным ведомством. А уже в феврале 2011 года подчиненные Юрия Чайки оказались в центре так называемого игорного дела, в рамках которого СК обвинил ряд сотрудников подмосковной прокуратуры в крышевании подпольных казино. В связи с этим делом упоминался сын генпрокурора Артем Чайка, который, по показаниям одного из свидетелей, якобы свел хозяина нелегального игорного бизнеса Ивана Назарова с прокурорами.
Стоит отметить, что сыновья Юрия Чайки и ранее были фигурантами скандальных историй. В 1999 году в машине уже упоминавшегося Артема сотрудники РУБОПа задержали ингушских вымогателей. У них имелась доверенность, выписанная от имени Артема Чайки, и подлинный спецталон, освобождающий автомобиль от досмотра. Рэкетиров позже приговорили к шести годам лишения свободы каждого. Их связь с господином Чайкой не расследовалась, так как «к предъявленному обвинению отношения не имела».
Второй сын Юрия Чайки Игорь прославился после того, как пользователи интернет-сообщества ru_vederko, выяснили, что «человек, похожий на сына генерального прокурора» в октябре 2010 года угрожал журналистке, не уступившей дорогу его автомобилю.